Berdasarkan Peraturan Kepala Badan SAR Nasional Nomor PER.KBSN-01/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan SAR Nasional, struktur organisasi Badan SAR Nasional yang telah diubah dengan Peraturan Kepala Badan SAR Nasional Nomor PK.15 Tahun 2014 (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 684) tentang perubahan Ketiga atas Peraturan Kepala Badan SAR Nasional Nomor PER.KBSN-01/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan SAR Nasional, dan Peraturan Kepala Badan SAR Nasional Nomor PK.18 Tahun 2012 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Kepala Badan SAR Nasional Nomor PER.KBSN-01/2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan SAR Nasional terdiri atas:

1.

Kepala Badan 
Kepala Badan SAR Nasional ditunjuk langsung oleh Presiden yang dalam melaksanakan tugasnya bertanggungjawab kepada Presiden.

2.

Sekretariat Utama
Sekretariat Utama adalah unsur pembantu pimpinan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional. Sekretariat Utama dipimpin oleh Sekretaris Utama yang terdiri atas 3 (tiga) biro yaitu Biro Umum, Biro Perencanaan dan KTLN, serta Biro Hukum dan Kepegawaian.

3.

Deputi Bidang Potensi SAR 
Deputi Bidang Potensi SAR adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Badan SAR Nasional di bidang potensi SAR yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional. Deputi Bidang Potensi SAR dipimpin oleh deputi yang terdiri atas 2 (dua) direktorat yaitu Direktorat Sarana dan Prasarana dan Direktorat Bina Ketenagaan dan Pemasyarakatan SAR.

4.

Deputi Bidang Operasi SAR
Deputi Bidang Operasi SAR adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi Badan SAR Nasional di bidang operasi SAR yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional. Deputi Bidang Operasi SAR dipimpin oleh deputi yang terdiri atas 2 (dua) direktorat yaitu Direktorat Operasi dan Latihan dan Direktorat Komunikasi.

5.

Pusat Data dan Informasi
Pusat Data dan Informasi adalah unsur penunjang Badan SAR Nasional yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional melalui Sekretaris Utama. Pusat Data dan Informasi dipimpin oleh Kepala.

6.

Inspektorat 
Inspektorat adalah unsur pengawasan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional melalui Sekretaris Utama. Inspektorat dipimpin oleh Inspektur.

7.

Unit Pelaksana Teknis
Unit Pelaksana Teknis melaksanakan tugas SAR dan administratif Badan SAR Nasional di daerah, dibentuk Unit Pelaksana Teknis yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan SAR Nasional.